前作のＦＦ７から２年後の世界となっている。

　繁栄の極みにあった魔洸都市「ミッドガル」は廃墟と化したが、人々は再建への道を確実に歩んでいた。だが、「星痕症候群」と呼ばれる謎の病が人々を苛む。治療法もなく、冒された者を次々と死に至らしめるこの病は、希望を取り戻しつつあった人々の新たな脅威となった。

　デリバリーサービスを営みながら孤児と共に静かに暮らしていたクラウドは、先の戦いで大事な仲間達を失ってしまった心の傷に胸をいため、深い自戒と罪の念に心を閉ざしていた。

　ある日、クラウドに仕事を依頼する1本の電話が入る。依頼内容は、カダージュと呼ばれる男からの護衛を依頼するものだった。若く、凶暴なカダージュ達。やがて彼らの魔手は、クラウドと共に住んでいた孤児たちにも伸びる。その目的は何なのか。何故クラウドを狙うのか。

　避けようのない戦いを前に思い悩むクラウド。
　「罪って許されるのか？」
　長き葛藤の末、戦いの決意を固めるクラウド。ついに、カダージュ達との、人知を超えた戦いが幕を開ける。